C´est la zone humide la plus importante et caractéristique de Chinchón, et l´une des réserves d´oiseaux les plus importantes de la Communauté de Madrid.
Le Refuge de Faune de la Lagune de San Juan devient un Espace Naturel Protégé par le décret 5/1991 de la Communauté de Madrid, orienté à la conservation, restauration et amélioration de sa faune et sa flore par des raisons biologiques, scientifiques, éducatives, et par le caractère singulier de son relief et la valeur de son paysage. Il faut rendre compatible cette protection avec les usages traditionnels el l´exploitation ordonnée des ressources naturelles.
Il compte sur un Plan de Gestion approuvé par Ordre du 14 décembre 1992. L´administration et la gestion sont à la Conseillère d´Environnement de la Communauté de Madrid.
La lagune a une surface de 40 Ha. et elle se trouve dans en aval de la rivière Tajuña. C´est la plus grande des trois zones humides associées à ce trajet de la rivière.
Sa forme est triangulaire et il y a des laîches, des tamaris, des cannes et d´autres espèces saisonnières dans ses marges. Elle est composée de deux lames d´eau séparées par une digue artificielle. Elle est entourée par un ensemble de collines et des falaises très élevées avec une végétation et faune très singulières.
C´est le plus clair exemple de l´écosystème marécageux et un habitat parfait pour les oiseaux. Il y a plus de 43 espèces de vertébrés, dont plus de la moitié sont des oiseaux. Il y en a qui restent toute l´année et d´autres qui n´arrivent qu´en hiver. Il y a aussi des reptiles, des amphibies et de petits mammifères.
La protection de la lagune interdit de chasser et de pêcher, la capture des animaux ou de leurs œufs, les déchets et les activités extractives, l´introduction d´espèces non autochtones, le camping, le feu, en plus du trafic hors des routes et l´emplacement de panneaux publicitaires. Son état de conservation est quand même assez bon, et elle est peu menacée grâce à la distance des routes et des villes.
Sa dénomination est «Parc régional autour des axes de l´aval de la rivière Manzanares et de la rivière Jarama », à cause de la loi 6/1994 du 28 juin. Un plan d´aménagement des ressources naturelles a été exceptionnellement déclaré pour arrêter la détérioration. Ce plan a été finalement approuvé par le décret 27/1999 du 11 février.
Sa surface est de près de 31.500 Ha., y comprise la zone de protection. Son extension com-prend 16 villes, de Pinto et Getafe jusqu´à Aranjuez.
Chinchón fait partie du parc dans la zone appelée «El Pingarrón», et ses limites sont dans la zone de protection puisqu´ils se correspondent aux limites du Parc Régional par l´ouest.
Des usages agricoles, forestiers, résidentiels, miniers, industriels, écologiques, sont mélangés dans cet endroit. Ses menaces les plus grandes sont l´extraction minière au grand air, les dé-chets incontrôlés des villes et de l´industrie, la canalisation de la rivière Jarama, le TGV et les nouvelles infrastructures.
C´est alors un espace très agressé et difficile à gérer, mais il compte malgré tout sur des pay-sages de magnifique conservation et d´une grande valeur écologique et archéologique. Il y a un service de conservation qui a fait des travaux de récupération et de restauration, des travaux de nettoyage et il a établi des itinéraires et des endroits pour les loisirs.
Très important à cause de sa faune et sa flore, beaucoup d´espèces représentées sur cet endroit sont dans le Catalogue Régional des Espèces Menacées de la Communauté de Madrid.
Le Parc du Sud-est est dans le LIC « Collines, Pentes et Déserts du Sud-est » qui fera partie du réseau Natura 2000.